Схожий механизм маскировки используется и загрузочными вирусами, о которых будет сказано дальше. В целях борьбы со stealth-вирусами ранее рекомендовалось (и, в принципе, рекомендуется и сейчас) осуществлять альтернативную загрузку системы с гибкого диска и только после этого проводить поиск и удаление вирусных программ. В настоящее время загрузка с гибкого диска может оказаться проблематичной (для случая с Win32 — антивирусными приложениями запустить их не удастся). Ввиду всего вышесказанного, антивирусы-полифаги оказываются максимально эффективными только при борьбе с уже известными вирусами, то есть с такими, чьи сигнатуры и методы поведения знакомы разработчикам.

Только в этом случае вирус со 100%-ной точностью будет обнаружен и удален из памяти компьютера, а потом — и из всех проверяемых файлов. Если же вирус неизвестен, то он может достаточно успешно противостоять попыткам его обнаружения и лечения. Поэтому главное при пользовании любым полифагом — как можно чаще обновлять версии программы и вирусные базы.

Особняком тут стоят так называемые эвристические анализаторы. Дело в том, что существует большое количество вирусов, алгоритм которых практически скопирован с алгоритма других вирусов.

Как правило, такие вариации создают непрофессиональные программисты, которые по каким-то причинам решили написать вирус. Для борьбы с такими «копиями» и были придуманы эвристические анализаторы. С их помощью антивирус способен находить подобные аналоги известных вирусов, сообщая пользователю, что у него, похоже, завелся вирус.