Чаще всего сигнатура — это непосредственно участок вирусного кода или его контрольная сумма (дайджест).

Первоначально антивирусы-полифаги работали по очень простому принципу — осуществляли последовательный просмотр файлов на предмет нахождения в них вирусных программ. Если сигнатура вируса была обнаружена, то производилась процедура удаления вирусного кода из тела программы или документа. Прежде чем начать проверку файлов, программа-фаг всегда проверяет оперативную память. Если в оперативной памяти оказывается вирус, то происходит его деактивация. Это вызвано тем, что зачастую вирусные программы производят заражение тех программ, которые запускаются или открываются в тот момент, когда вирус находится в активной стадии (это связано со стремлением экономить на усилиях по поиску объектов заражения). Таким образом, если вирус останется активным в памяти, то тотальная проверка всех исполняемых файлов приведет к тотальному заражению системы.

В настоящее время вирусные программы значительно усложнились. Например, появились так называемые «stealth-вирусы». В основе их работы лежит тот факт, что операционная система при обращении к периферийным устройствам (в том числе и к жестким дискам) использует механизм прерываний. Здесь необходимо сделать небольшое отступление на тему «Как работает механизм прерываний». При возникновении прерывания управление передается специальной программе — «Обработчику прерываний». Эта программа отвечает за ввод и вывод информации в/из периферийного устройства.